Por fin Youtube ya tiene la opción de insertar vídeos con HTML5. El código de dicha opción no está disponible como código embed desde el sitio de Youtube, pero se puede hacer cambiando VIDEO_ID en el siguiente código por el ID del video que quieres insertar
<iframe type="text/html" width="640" height="385" src="http://www.youtube.com/embed/VIDEO_ID" frameborder="0">
</iframe>
Si el navegador no soporta HTML5, el video se reproduce en el reproductor de Flash.